Mapa con zonificación de las cuencas
Cuencas Superficiales y Subterráneas
Cuenca del Río Quinto: se ubica desde el centro de la provincia hacia el sudeste. Posee una amplia red de ríos que nacen en las Sierras de San Luis, como El Trapiche, Grande, Saladillo, Riocito, Cañada Honda y Rosario. La cuenca abarca el sur de la Provincia de Córdoba y Santa Fé, norte de La Pampa y noroeste de Buenos Aires. Históricamente, el Río Quinto conformaba un claro límite entre las comunidades Huarpes del Norte y Ranqueles del Sur. Los Diques de la Provincia de San Luis, todos ellos ubicados en la Cuenca Alta, son Esteban Agüero, La Florida, Saladillo, Paso de Las Carretas; y Vulpiani ubicado en el tramo medio en la Localidad de Villa Mercedes.
Cuenca del Río Conlara: ubicada al noreste, sus dos cursos de agua principales son el río de Los Sauces y el río Conlara, que recorre el valle homónimo. Antiguamente, el río Conlara se desarrollaba hacia el sureste para confluir con el río Quinto. Luego del surgimiento de la cadena de picos volcánicos del Rosario, se obstruyó el recorrido antiguo del río y éste se desvió drásticamente en dirección Norte. Así, se encajonó en la falla que pone en contacto el bloque elevado de las Sierras de San Luis y el bloque hundido de la planicie central del valle del Conlara. Dicho Valle compone una gran área agrícola de importancia productiva para la Provincia. El Dique San Felipe compone la obra de captación, almacenamiento y distribución más importante de la Cuenca.
Cuenca Desaguadero: es el río más extenso de la provincia de San Luis y compone el límite interprovincial con Mendoza. A diferencia del resto de los ríos del territorio que presentan un régimen pluvial, sus aguas provienen de los deshielos de la Cordillera de los Andes. El río Desaguadero-Salado es el principal colector de todos los aportes superficiales de la cuenca, condición que caracteriza su elevada salinidad, típicamente acumulativa hacia los tramos inferiores del sistema. Por otro lado, las obras de captación y almacenamiento ubicadas en San Juan y Mendoza reducen notoriamente los caudales circulantes hacia los tramos aguas abajo. En el sector Noroeste de la provincia se manifiestan las Lagunas de Guanacache, Bebedero y Desaguadero, internacionalmente reconocidas como Sitio Ramsar y compartidas con las Provincias de Mendoza y San Juan.
Sub-Cuenca del río cañada de Vilance: se ubica al noroeste y sus dos ríos principales son el Amieva y el Socoscora que nacen en las Sierras de San Luis. El río cañada de Vilance funciona como un gran colector de los escurrimientos de toda la cuenca, en dirección Norte. La laguna Pampa de Las Salinas ubicada en el tramo final de la cuenca funciona como el nivel de base del sistema.
Sub-Cuenca del río Bebedero: se ubica en el centro-oeste y la forman los ríos Nogolí, Cuchi Corral, Los Molles y Volcán. El Bebedero y el Nogolí desembocaban sus aguas en la laguna del Bebedero, mientras los demás se escurren en suelos permeables. Actualmente y debido a la presencia de los Diques Potrero de Los Funes, La Estrechura, Cruz de Piedra y Dique Chico, los ingresos de agua a la laguna se ven notoriamente reducidos y solamente se manifiestan en períodos de excedentes hídricos.
Cuenca Llanura Norte: la componen los ríos Claro, Gómez, Curtiembre, Luján y Quines. Por su parte, los cauces del Cautana, Talita, El Molle, Suyuque, son otros ríos de la cuenca con aportes menores. Los cursos superficiales de la cuenca finalizan sus recorridos en lo que hoy se corresponde a un corredor agrícola de hortalizas, frutales, algodón, y pasturas que involucra los oasis de las localidades de Quines y Candelaria. Los Diques de la Cuenca son Las Chacras, Luján y La Huertita.
Cuenca Llanura Sur: con una hidrología típica de zona de llanuras, en el sur de la Provincia no existen ríos superficiales ni arroyos permanentes, solamente se manifiestan sistemas de lagunas permanentes y temporarias. El agua subterránea conforma la principal fuente de aprovisionamiento para las localidades y para la producción agrícola.
Antiguamente, en el área comprendida por el Arroyo La Petra y el Arroyo El Morro, estaban ocupadas por comunidades de Bosque Nativo y Pastizales Naturales, respectivamente.
Con el avance de la frontera agrícola y el consecuente cambio de uso de suelo, se transformó la cobertura vegetal de las áreas naturales por cultivos implantados de ciclo anual. Al alterarse la condición natural del paisaje, que ya cuenta con pendientes pronunciadas y suelos susceptibles a la erosión, se desencadenó en una gran alteración en el balance hídrico, originando la manifestación de procesos de Erosión Hídrica de gran envergadura.
Surgieron así, a partir de pequeñas cárcavas, extensos cauces nuevos que conducen los excedentes hídricos de ambas cuencas hacia el curso principal del Río Quinto.
Desde la Dirección de Gestión Ambiental de Recursos Hídricos se proyectan y realizan recorridos por los campos agrícolas que poseen o no Prácticas Conservacionistas de Uso de Suelo. A su vez, se plantea realizar Capacitaciones y Jornadas en las que se reúna a productores de la zona, asesores profesionales, Municipios y a otras entidades públicas y privadas, con los objetivos de conformar mesas interdisciplinarias que aborden la problemática; y con el horizonte de la Creación de Consorcios de Productores.
El objetivo de la Dirección es contribuir a la conformación de un Plan de Acción Provincial frente a las irremediables consecuencias de la Desertificación y Pérdidas de Suelo Productivo.